Il primo livello, datato 3600-3300 a.C., si trova a 10 metri sotto il livello stradale è il più antico dei tre: ospitava il santuario originale. In seguito, quando gli antichi costruttori si accorsero che il primo livello non bastava più, fu scavato il secondo livello (3300-3000 a.C.). Qui ancora oggi si possono ammirare la Stanza Principale, a pianta circolare, dove fu trovata la statuetta della Dea Dormiente, conservata al Museo dell’Archeologia di La Valletta; la Stanza Decorata, una sala circolare riccamente decorata con motivi geometrici e la Stanza dell’Oracolo, a forma rettangolare, una delle sale più piccole della necropoli.
Parlando attraverso il foro di una parete, la voce si diffonde per tutto l’ipogeo; la Buca del Serpente, una fossa profonda circa due metri, che potrebbe essere stata scavata per mettervi i serpenti come misura difensiva o forse semplicemente per raccogliervi l’elemosina e il Sancta Sanctorum, un magnifico esempio di architettura preistorica, dove la roccia è perfettamente levigata e il soffitto a volta decorato con disegni a spirali rosse. Il terzo e ultimo livello (3150-2500 a.C.) fungeva da deposito, probabilmente per il frumento. Per consentire la conservazione del microclima interno, il sito può essere visitato solo da 80 persone al giorno, suddivise in gruppi da 10 (solo su prenotazione: www.heritagemalta.org)